由于化学肥料作用直接，效果明显，目前各地现代农业生产的习惯做法依然大量依赖与化学肥料，在经过三至五年的集中使用化学物质后，土壤的自然肥力随着每年连续施用化学物质而显著下降。这种下降的结果导致了每年为保持高产而必须逐渐加大化学肥料的施用量。这样一来就导致了费用增加并且加速了土壤的全部衰退，近年来一些地方的有机肥生产大都是为处理城市垃圾而设计的。这种方法制造的有机肥中含大量的垃圾，特别是一些难于消化的化学制品，从而严重地破坏了农田的生态系统，对土壤不利，对农作物生长不利，在传统的堆肥方法是用稻草、落叶、菜叶、锯沫和粪肥等堆积在一起并放置一定的时间使它们发酵成适于农田中施用的肥料。这种混合肥料对于农田里的腐殖土来说非常有利，但为了生产这种堆肥，必须把这些材料堆积很长时间，而且此间必须不断搅拌这些原料，尽管如此，这些原料也不能全部均匀发酵，而是其中一部分充分发酵另一部分没有充分发酵，在堆肥发酵的过程中还会产生大量的有害气体，对环境造成污染。
随着社会的发展，人们越来越倾向于有绿色环保的食品，用有机肥种植出来的食品也越来越受欢迎，有机肥原料来源丰富，可以是枯叶、稻草、人畜粪便等有机废弃物，有化学肥料相比，有机肥营养价值高，不会造成土壤品质变差，出现板结不透气等问题，而液态有机肥料是一种非常重要的有机肥肥源，其容易被土壤吸收，在提高农作物产量方面等方面有重要作用，受到广大农民朋友的欢迎，但是，目前有机肥料发酵一般都采用在发酵池或发酵罐内发酵的模式，发酵过程中会产生大量的热量，需要搅动散热，现在一般都采用发酵槽翻抛设备来进行散热，成本高，也不方便，而且发酵过程产生的大量热量也没法得到应用，造成资源浪费。

堆肥过程有许多不同种类的微生物参与，由于原料和条件的变化，各种微生物的数量也在不断发生变化，所以堆肥过程中没有任何微生物一直占据主导地位，每一个环境都有其特定的微生物菌群，微生物的多样性使得堆肥在外部条件出现变化的情况下仍可避免系统崩溃，堆肥过程主要靠微生物的作用进行，微生物是堆肥发酵的主体，参与堆肥的微生物有两个来源，一是有机废弃物里面原有的大量微生物，另一是人工加入的微生物接种剂，这些菌种在一定条件下对某些有机废物具有较强的分解能力，具有活性强、繁殖快、分解有机物迅速等特点，能加速堆肥反应的进程，缩短堆肥反应的时间，堆肥一般分为好氧堆肥和厌氧堆肥两种。好氧堆肥是在有氧情况下的有机物料分解过程，其代谢产物主要是二氧化碳、水和热；厌氧堆肥是在无氧条件下有机物料的分解过程，厌氧分解后的代谢产物是二氧化碳和许多低分子量的中间产物，如有机酸等。

随着现代农业的发展，农村环境污染问题日益突出，其危害已超过工业污染，急需进行系统处理。农村环境污染的主要源头有:养殖废水污染，养殖粪便污染，农村固体废弃物污染，农田超量肥料污染，农药污染等。粪便、粪水，含有大量致病微生物、病虫，产生臭味，，同时施入土壤造成农田污染,并随着食物链对人体、畜禽安全构成了直接危胁。农村环境污染源整治工作已势在必行，如何科学、有效解决农村、农业、农田污染问题成为当务之急。

堆肥主要利用多种微生物的作用，将物料的有机残体进行矿质化、腐殖化和无害化，使各种复杂的有机态养分转化为可溶性养分和腐殖质，同时利用堆积时所产生的高温(60-70℃)来杀死原材料中所带来的病菌、虫卵和杂草种子，达到无害化的目的。因此，为了获得堆肥，在堆制过程中，千方百计地为微生物的生命活动创造良好的条件，是加快堆肥腐熟和提高肥效的关键。
鸡粪有机肥优势：
1. 与肥料相比
在我国，多年来由于长期施用化学肥料，有机肥不足，各类养分比例失调，致使农田生态环境、土壤理化性状和土壤微生在我国，多年来由于长期施用化学肥料，有机肥不足，各类养分比例失调，致使农田生态环境、土壤理化性状和土壤微生使用有机肥则可以避免以上弊端。
2. 与农家肥相比
商品有机肥与农民自己堆沤的有机肥有什么不同呢? -般来说，没经过无害化处理的有机肥，存在许多缺陷:  -是含盐分较多，容易使土壤盐化，出苗不整齐，生根慢;二是自带较多的病菌、虫卵，易引发病虫害;三是含量不稳定，无法保证足够的养分，且易烧苗烧根。
3.社会 意义和环境意义
提高中国有机肥施用的比例还可避免以下诸问题: -是农业废弃物大量堆积，养分流失，污染环境。 二是土壤与作物严重缺钾，使土壤肥力减退十分严重。三是肥料用里增加，显示，污染物中农业废弃物所占的份额达到35%-40%。